Algen als Biokraftstoff wird gern als zukünftige Alternative diskutiert. Wie alle pflanzenbasierten Kraftstoffe bzw. Energiestoffe haben auch Algen einen massiven Nachteil – die Photosynthese. Die Umwandlung von Sonnenenergie in chemische Energie mittels Blattgrün hat einen Wirkungsgrad von gerade einmal 1%, die so gespeicherte Energie muss noch abtransportiert und gereinigt werden, z.B. Algen einsammeln und trocknen. Dann muß diese Energie zu Nutzenergie gemacht werden d.h. über Biogas zu Strom oder durch einfache Verbrennung u.a. zu Wärme. Damit bleibt noch wesentlich weniger als 1% Energie als Nutzenergie übrig. Vergleicht man das mit der Option Photovoltaik mit Standardmodulen, so ist dort 16% Wirkungsgrad als verfügbarer Strom anzutreffen.
Selbst wenn für Speicherung ein Großteil dieser verfügbaren elektrischen Energie wieder vernichtet würde, so ist die Ernte über Photovoltaik um Größenordnungen besser als es klassische Photosynthese je sein kann.